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script.R - v3 - Structure updated and save plot and table func added

Fred authored on24/05/2015 23:12:44
Showing1 changed files
script.R
History View file @ddefd0d
... ... 
@@ -1,81 +1,96 @@
1 
-#!/usr/bin/R
1 
+#!/usr/bin/env Rscript
2 2 
 # Title:
3 3 
 # Version:
4 
-# Author: Frédéric CHEVALIER
5 
-# Created in:
4 
+# Author: Frédéric CHEVALIER <fcheval@txbiomedgenetics.org>
5 
+# Created in: 2014-0
6 6 
 # Modified in:
7 7
8 8
9 9
10 
-#------#
11 
-# Aims #
12 
-#------#
10 
+#==========#
11 
+# Comments #
12 
+#==========#
13 13
14 14
15 15
16 16
17 17
18 
-#-----------------#
19 
-# Library loading #
20 
-#-----------------#
18 
+#===================#
19 
+# Packages required #
20 
+#===================#
21 21
22 
+# library()
22 23
23 24
24 25
25 
-#-----------#
26 
-# Variables #
27 
-#-----------#
26 
+#===========#
27 
+# Functions #
28 
+#===========#
28 29
29 
-# Remove all variables from the memory
30 
-rm(list = ls())
30 
+#------------------------#
31 
+# Function to save plots #
32 
+#------------------------#
31 33
32 
-# Data file
33 
-file <- ""
34 
+save.myplot <- function (filename, width=8, height=8) {
35 
+	# Folder creation for graphic output (if does not exist)
36 
+	if (file.exists("Graphs/") == FALSE) {dir.create("Graphs")}
37 
+
38 
+	# Graphic saving (png and eps formats)
39 
+	dev.copy(png,paste("Graphs/",filename,".png",sep=""), width=width*72, height=height*72, bg="white")
40 
+	dev.off()
41 
+	dev.copy2pdf(file=paste("Graphs/",filename,".pdf",sep=""), width=width, height=height)
42 
+}
34 43
35 
-data <- read.csv(file, header=T, sep=";")
36 44
37 
-# Object containing the name of the data file
38 
-name <- strsplit(file,".csv")
45 
+#-------------------------#
46 
+# Function to save tables #
47 
+#-------------------------#
39 48
49 
+save.mytable <- function (x, filename, ext=".tsv", sep="\t", col.names=FALSE, row.names=FALSE, append=FALSE){
50 
+	# Folder creation for table output (if does not exist)
51 
+	if (file.exists("Results/") == FALSE) {dir.create("Results")}
52 
+
53 
+	# Data export
54 
+	write.table(x, file=paste("Results/",filename, ext, sep=""), col.names=col.names, row.names=row.names, append=append, sep=sep)
55 
+}
40 56
41 57
42 
-#-----------------#
43 
-# Data Processing #
44 
-#-----------------#
45 58
59 
+#===========#
60 
+# Variables #
61 
+#===========#
62 
+
63 
+# Data file
64 
+myfile <- ""
65 
+mydata <- read.csv(myfile, header=TRUE, sep=";")
46 66
67 
+# Object contaning the input file name
68 
+filename <- strsplit(myfile,".csv")
47 69
48 
-# Result export in folder
49 
-if (file.exists("Results/") == FALSE) {dir.create("Results")}
50 
-write.table(x, file=paste("Résultats/x",file, sep=""), col.names = NA, row.names = TRUE, sep=";") # x = object to save
51 70
52 71
72 
+#=================#
73 
+# Data processing #
74 
+#=================#
53 75
54 
-#--------------------#
55 
-# Graphical commands #
56 
-#--------------------#
57 76
58 77
59 78
60 79
61 
-#------#
62 
-# Plot #
63 
-#------#
80 
+#========#
81 
+# Curves #
82 
+#========#
64 83
65 84
66 85
67 86
87 
+#=========#
88 
+# Figures #
89 
+#=========#
68 90
69 
-# Create the graph folder if it do not already exist
70 
-if (file.exists("Graphs/") == FALSE) {dir.create("Graphs")}
71 91
72 
-postscript(file=paste("Graphs/", name, ".ps", sep="")
73 92
74 
-# Draw graph here
75 93
76 
-dev.off()
77 94
78 95
79 
-## Save the graph in png format
80 
-#savePlot(paste("Graphs/",name,".png", sep=""))
81 96
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script.R - v2.1 - Strucutre and plot saving updated

Fred authored on24/05/2015 23:07:04
Showing1 changed files
script.R
History View file @bcb01ad
... ... 
@@ -1,23 +1,23 @@
1 1 
 #!/usr/bin/R
2 
-# title :
3 
-# version :
4 
-# author : Fédéric CHEVALIER
5 
-# created in:
6 
-# modified in:
2 
+# Title:
3 
+# Version:
4 
+# Author: Frédéric CHEVALIER
5 
+# Created in:
6 
+# Modified in:
7 7
8 8
9 9
10 
-#----------#
11 
-# Comments #
12 
-#----------#
10 
+#------#
11 
+# Aims #
12 
+#------#
13 13
14 14
15 15
16 16
17 17
18 
-#-------------------#
19 
-# Packages required #
20 
-#-------------------#
18 
+#-----------------#
19 
+# Library loading #
20 
+#-----------------#
21 21
22 22
23 23
... ... 
@@ -26,7 +26,7 @@
26 26 
 # Variables #
27 27 
 #-----------#
28 28
29 
-# Removing of all existing variables from the memory
29 
+# Remove all variables from the memory
30 30 
 rm(list = ls())
31 31
32 32 
 # Data file
... ... 
@@ -34,41 +34,48 @@ file <- ""
34 34
35 35 
 data <- read.csv(file, header=T, sep=";")
36 36
37 
-# Object contaning the input file name
37 
+# Object containing the name of the data file
38 38 
 name <- strsplit(file,".csv")
39 39
40 40
41 41
42 42 
 #-----------------#
43 
-# Data processing #
43 
+# Data Processing #
44 44 
 #-----------------#
45 45
46 46
47 47
48 48 
 # Result export in folder
49 49 
 if (file.exists("Results/") == FALSE) {dir.create("Results")}
50 
-write.table(x, file=paste("Rsults/x",file, sep=""), col.names = NA, row.names = TRUE, sep=";") # x = object to sauve
50 
+write.table(x, file=paste("Résultats/x",file, sep=""), col.names = NA, row.names = TRUE, sep=";") # x = object to save
51 51
52 52
53 53
54 
-#--------#
55 
-# Curves #
56 
-#--------#
54 
+#--------------------#
55 
+# Graphical commands #
56 
+#--------------------#
57 57
58 58
59 59
60 60
61 
-#---------#
62 
-# Figures #
63 
-#---------#
61 
+#------#
62 
+# Plot #
63 
+#------#
64 64
65 65
66 66
67 67
68 68
69 
-# Folder creation for graphic output (if does not exist)
69 
+# Create the graph folder if it do not already exist
70 70 
 if (file.exists("Graphs/") == FALSE) {dir.create("Graphs")}
71 71
72 
-# Graphic saving (png format)
73 
-savePlot(paste("Graphs/",name,".png", sep=""))
72 
+postscript(file=paste("Graphs/", name, ".ps", sep="")
73 
+
74 
+# Draw graph here
75 
+
76 
+dev.off()
77 
+
78 
+
79 
+## Save the graph in png format
80 
+#savePlot(paste("Graphs/",name,".png", sep=""))
74 81
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script.R - v2 - Switch to English version

Fred authored on24/05/2015 23:03:28
Showing1 changed files
script.R
History View file @5cf0244
... ... 
@@ -1,22 +1,22 @@
1 1 
 #!/usr/bin/R
2 
-#titre :
3 
-#version :
4 
-#auteur : Fédéric CHEVALIER
5 
-#date de création :
6 
-#date de modification :
2 
+# title :
3 
+# version :
4 
+# author : Fédéric CHEVALIER
5 
+# created in:
6 
+# modified in:
7 7
8 8
9 9
10 
-#--------------#
11 
-# Commentaires #
12 
-#--------------#
10 
+#----------#
11 
+# Comments #
12 
+#----------#
13 13
14 14
15 15
16 16
17 17
18 18 
 #-------------------#
19 
-# Paquets à charger #
19 
+# Packages required #
20 20 
 #-------------------#
21 21
22 22
... ... 
@@ -26,34 +26,34 @@
26 26 
 # Variables #
27 27 
 #-----------#
28 28
29 
-# Effacer de la mémoire toutes les variables présentes
29 
+# Removing of all existing variables from the memory
30 30 
 rm(list = ls())
31 31
32 
-# Fichier contenant les données
32 
+# Data file
33 33 
 file <- ""
34 34
35 35 
 data <- read.csv(file, header=T, sep=";")
36 36
37 
-# Objet contenant le nom du fichier traité
37 
+# Object contaning the input file name
38 38 
 name <- strsplit(file,".csv")
39 39
40 40
41 41
42 
-#-------------------------#
43 
-# Traitements des données #
44 
-#-------------------------#
42 
+#-----------------#
43 
+# Data processing #
44 
+#-----------------#
45 45
46 46
47 47
48 
-# Export des résultats dans un dossier
49 
-if (file.exists("Résultats/") == FALSE) {dir.create("Résultats")}
50 
-write.table(x, file=paste("Résultats/x",file, sep=""), col.names = NA, row.names = TRUE, sep=";") # x = objet à sauver
48 
+# Result export in folder
49 
+if (file.exists("Results/") == FALSE) {dir.create("Results")}
50 
+write.table(x, file=paste("Rsults/x",file, sep=""), col.names = NA, row.names = TRUE, sep=";") # x = object to sauve
51 51
52 52
53 53
54 
-#---------#
55 
-# Courbes #
56 
-#---------#
54 
+#--------#
55 
+# Curves #
56 
+#--------#
57 57
58 58
59 59
... ... 
@@ -66,9 +66,9 @@ write.table(x, file=paste("Résultats/x",file, sep=""), col.names = NA, row.name
66 66
67 67
68 68
69 
-# Création du dossier des sorties graphiques s'il n'existe pas encore
70 
-if (file.exists("Graphes/") == FALSE) {dir.create("Graphes")}
69 
+# Folder creation for graphic output (if does not exist)
70 
+if (file.exists("Graphs/") == FALSE) {dir.create("Graphs")}
71 71
72 
-# Enregistrement du graphique au format png
73 
-savePlot(paste("Graphes/",name,".png", sep=""))
72 
+# Graphic saving (png format)
73 
+savePlot(paste("Graphs/",name,".png", sep=""))
74 74
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scriptR - v1.1 - Structure improvement

Fred authored on24/05/2015 22:59:34
Showing1 changed files
script.R
History View file @07d9ae4
... ... 
@@ -7,24 +7,24 @@
7 7
8 8
9 9
10 
-#--------------
11 
-# Commentaires
12 
-#--------------
10 
+#--------------#
11 
+# Commentaires #
12 
+#--------------#
13 13
14 14
15 15
16 16
17 17
18 
-#-------------------
19 
-# Paquets à charger
20 
-#-------------------
18 
+#-------------------#
19 
+# Paquets à charger #
20 
+#-------------------#
21 21
22 22
23 23
24 24
25 
-#-----------
26 
-# Variables
27 
-#-----------
25 
+#-----------#
26 
+# Variables #
27 
+#-----------#
28 28
29 29 
 # Effacer de la mémoire toutes les variables présentes
30 30 
 rm(list = ls())
... ... 
@@ -39,9 +39,9 @@ name <- strsplit(file,".csv")
39 39
40 40
41 41
42 
-#-------------------------
43 
-# Traitements des données
44 
-#-------------------------
42 
+#-------------------------#
43 
+# Traitements des données #
44 
+#-------------------------#
45 45
46 46
47 47
... ... 
@@ -51,16 +51,16 @@ write.table(x, file=paste("Résultats/x",file, sep=""), col.names = NA, row.name
51 51
52 52
53 53
54 
-#---------
55 
-# Courbes
56 
-#---------
54 
+#---------#
55 
+# Courbes #
56 
+#---------#
57 57
58 58
59 59
60 60
61 
-#---------
62 
-# Figures
63 
-#---------
61 
+#---------#
62 
+# Figures #
63 
+#---------#
64 64
65 65
66 66
Browse code

script.R - v1

Fred authored on24/05/2015 22:48:29
Showing1 changed files
script.R
History View file @b0260c7
1 1 
new file mode 100755
... ... 
@@ -0,0 +1,74 @@
1 
+#!/usr/bin/R
2 
+#titre :
3 
+#version :
4 
+#auteur : Fédéric CHEVALIER
5 
+#date de création :
6 
+#date de modification :
7 
+
8 
+
9 
+
10 
+#--------------
11 
+# Commentaires
12 
+#--------------
13 
+
14 
+
15 
+
16 
+
17 
+
18 
+#-------------------
19 
+# Paquets à charger
20 
+#-------------------
21 
+
22 
+
23 
+
24 
+
25 
+#-----------
26 
+# Variables
27 
+#-----------
28 
+
29 
+# Effacer de la mémoire toutes les variables présentes
30 
+rm(list = ls())
31 
+
32 
+# Fichier contenant les données
33 
+file <- ""
34 
+
35 
+data <- read.csv(file, header=T, sep=";")
36 
+
37 
+# Objet contenant le nom du fichier traité
38 
+name <- strsplit(file,".csv")
39 
+
40 
+
41 
+
42 
+#-------------------------
43 
+# Traitements des données
44 
+#-------------------------
45 
+
46 
+
47 
+
48 
+# Export des résultats dans un dossier
49 
+if (file.exists("Résultats/") == FALSE) {dir.create("Résultats")}
50 
+write.table(x, file=paste("Résultats/x",file, sep=""), col.names = NA, row.names = TRUE, sep=";") # x = objet à sauver
51 
+
52 
+
53 
+
54 
+#---------
55 
+# Courbes
56 
+#---------
57 
+
58 
+
59 
+
60 
+
61 
+#---------
62 
+# Figures
63 
+#---------
64 
+
65 
+
66 
+
67 
+
68 
+
69 
+# Création du dossier des sorties graphiques s'il n'existe pas encore
70 
+if (file.exists("Graphes/") == FALSE) {dir.create("Graphes")}
71 
+
72 
+# Enregistrement du graphique au format png
73 
+savePlot(paste("Graphes/",name,".png", sep=""))
74 
+